La iglesia tiene su origen en una pequeña ermita medieval dedicada a Nuestra Señora del Puente que se levantaba aquí, muy cerca del lugar en el que, según la tradición, la Virgen se apareció, con un candil en la mano, ante el rey Alfonso VIII de Castilla para avisarle de que iba a conquistar la ciudad de Cuenca en pocos días. De ahí que, con el paso del tiempo, la advocación del templo cambiase desde la original a la de Virgen de la Luz, que es la que actualmente tiene.

Junto a la vieja ermita se levantó, en torno a 1345, el Convento-Hospital de San Antonio Abad, dedicado a este santo porque en él eran atendidos los enfermos de herpes, enfermedad que era entonces conocida como “fuego de San Antonio”. Este es el motivo por el que la propia iglesia, el barrio y el puente que hay junto a ella, son todavía hoy conocidos con el popular sobrenombre de San Antón. Del último hospital, levantado en el siglo XVI, solamente queda la preciosa portada plateresca de su capilla, que figura a la izquierda de la puerta actual.

Esta hermosa portada fue levantada hacia 1530, y destaca por la fina y profusa decoración que cubre buena parte de la misma, realizada a base de grutescos. Por desgracia, la esbelta composición original está hoy muy desvirtuada por las numerosas alteraciones que ha sufrido. Algunos de los elementos decorativos se han perdido, y el aumento del nivel del suelo de la calle impide contemplar la portada con su altura original, lo que también ha afectado a los pedestales de las columnas, hoy muy erosionados.