La Guerra de Independencia (1808-1814) supuso un violento paréntesis en la vida de la ciudad del que no pudieron escapar las hermandades y cofradías. Gran parte del patrimonio que éstas poseían fue destruido, y muchos de sus hermanos murieron, por lo que el siglo XIX se inició con una aguda crisis para la Semana Santa, que aún se mantendría durante buena parte de aquel siglo. En aquellas fechas, el Cabildo de la Vera Cruz, que ya debía estar agonizante, quedó prácticamente disuelto.

Sin embargo, las hermandades que habían surgido dentro del mismo parecían estar emergiendo con fuerza de aquella época de dificultades. En 1818 fueron éstas las que, aceptando el ofrecimiento del Ayuntamiento, se trasladaron a la iglesia de la Virgen de la Luz, abandonando así su sede tradicional, San Roque, que se encontraba prácticamente arrasada. Todo parece indicar que, ya entonces, el Cabildo se había convertido en un ente sin capacidad real para organizar a las hermandades.

Este proceso continúa, no sin ciertas disputas entre los pocos hermanos que intentan mantener vivo el Cabildo, y los que integran las hermandades; y culmina finalmente con la firma de la Concordia fundacional de la Archicofradía, el 11 de marzo de 1849. A las cuatro hermandades tradicionales, las que surgen de los antiguos pasos, se unió poco después la del Santísimo Ecce-Homo de San Gil, y en 1853 la de Jesús Amarrado a la Columna, quedando así configurada la Archicofradía de Paz y Caridad, desde entonces mantenida por el espíritu fraterno de todas estas cofradías.