Aunque la Archicofradía de Paz y Caridad no surge hasta bien entrado el siglo XIX, ésta es la heredera directa del antiguo Cabildo de la Vera Cruz y Sangre de Cristo, que existía ya en la segunda mitad del siglo XVI. Esta institución, muy relacionada con la Orden Franciscana, tenía su sede en la desaparecida iglesia de San Roque y se ocupaba de dar cristiana sepultura a los pobres de la ciudad. Sin embargo, muy pronto adquiere una nueva función: la organización de la procesión de la tarde de Jueves Santo, la más antigua de la Semana Santa de Cuenca.

En la capilla que el Cabildo tenía en la iglesia de San Roque, popularmente conocida como “la de los pasos”, se veneraban las imágenes que componían aquel desfile: Jesús con la Cruz a cuestas, la Oración en el Huerto, el Santo Paso de la Caña y la Virgen de la Misericordia. También era Titular de la corporación un crucificado, antecesor de nuestro actual Cristo de las Misericordias.

El Cabildo de la Vera Cruz, Sangre de Cristo y Misericordia se afianzó como una de las grandes instituciones de nuestra Semana Santa, viviendo una época de gran esplendor durante todo el siglo XVII. En la centuria siguiente, sin embargo, inició un lento pero imparable declive que se prolongaría hasta su desaparición. Mientras tanto, en su seno surgían las hermandades filiales que, con el tiempo, serían las que mantendrían viva la herencia del Cabildo y le darían un nuevo impulso, con la fundación de la Archicofradía que hoy conocemos.